Η έκρηξη στην πτήση MS804 της EgyptAir μοιάζει η πιο πιθανή αιτία της συντριβής. Αλλά κανείς δεν ξέρει αν είναι αποτέλεσμα τρομοκρατικής επίθεσης, όπως από την πρώτη στιγμή δήλωσαν οι αιγυπτιακές και όχι μόνο αρχές, ή βλάβης στο αεροπλάνο. Άλλωστε, η αποκάλυψη πως λίγο πριν το αεροπλάνο χαθεί από τα ραντάρ υπήρξε επικοινωνία των πιλότων με τον πύργο ελέγχου όπου γνωστοποιήθηκε ότι το αεροσκάφος είχε γεμίσει καπνό μάλλον από φωτιά στην τουαλέτα, είχε βάλει στο «τραπέζι» το ενδεχόμενο της μηχανικής βλάβης.
Οι πιο σοκαριστικές λεπτομέρειες έρχονται από τους ιατροδικαστές που εξέτασαν τα πρώτα ανθρώπινα μέλη που περισυνελέγησαν από το σημείο όπου εντοπίστηκαν τα συντρίμμια του αεροπλάνου και έφτασαν στο νεκροτομείο του Καΐρου. Η έκτακτη είδηση του Associated Press πως τα μέρη από τις σορούς που εξετάστηκαν δείχνουν πως στο αεροπλάνο σημειώθηκε έκρηξη σόκαρε. Περισσότερο όμως σοκάρουν οι λεπτομέρειες που έρχονται στο φως.