Στις 2 Μαρτίου 1913 γιορτάζεται η απελευθέρωση της Σάμου. Εκείνη την ημέρα, oι Σαμιώτες, βλέποντας στον ορίζοντα ελληνικά πλοία να πλέουν προς το νησί τους, άρχισαν να πανηγυρίζουν ενθουσιασμένοι. Τα πλοία που κατευθύνονταν προς τη Σάμο ήταν το θωρηκτό πλοίο «Σπέτσαι», ένα εμπορικό και δύο αντιτορπιλικά το «Νίκη» και το «Βέλος», ενώ παρόν ήταν και το μεταγωγικό «Θεσσαλία».
Η αποβίβαση των ελληνικών πλοίων στη Σάμο
Ο υποπλοίαρχος Πλατσούκας και οι άνδρες του με βάρκες αποβιβάστηκαν στην ξηρά από το «Σπέτσαι». Ο πρόεδρος της Γενικής Συνέλευσης του νησιού, Θεοτόκης, τον υποδέχθηκε θερμά. Κατευθύνθηκαν στο Διοικητήριο. Εκεί βγήκαν μαζί στον εξώστη και διάβασαν δημόσια το έγγραφο της κατάληψης του νησιού της Σάμου.
Η κατάληψη έγινε εξ ονόματος του πλοιάρχου Γκίνη του θωρηκτού «Σπέτσαι» ύστερα από διαταγή του Υποναύαρχου, Παύλου Κουντουριώτη.
Ο ιδιότυπο καθεστώς στο νησί πριν την απελευθέρωση
Η Υψηλή Πύλη από το 1832 είχε αναγνωρίσει ένα ιδιότυπο καθεστώς για το νησί της Σάμου. Κηρύχθηκε σε Ηγεμονία με δικό του ηγεμόνα, αλλά συνέχισε να είναι υποτελές στην Πύλη. Ο ηγεμόνας ήταν κάθε φορά χριστιανός ορθόδοξος και διοριζόταν από τον Σουλτάνο.
Η Σάμος από τον Απρίλιο του 1821 που κηρύχθηκε η επανάσταση στο Βαθύ και για 13 χρόνια, με τον Κωνσταντίνο Λαχανά αλλά κι αργότερα με επικεφαλής τον Λυκούργο Λογοθέτη κι άλλους οπλαρχηγούς στο Καρλόβασι, κρατήθηκε ελεύθερη με εξαίρεση τον Κάβο Φονιά.
Οι Σαμιώτες κρυμμένοι στα ακρογιάλια του νησιού μάχονταν, για να μην επιτρέψουν στους Τούρκους να πατήσουν στο νησί. Σε κρίσιμες στιγμές πολύτιμη βοήθεια παρείχε το Ελληνικό Ναυτικό, ώστε να μην καταστραφεί το νησί.
Το 1834 οι τρεις μεγάλες δυνάμεις Αγγλία, Γαλλία και Ρωσία σε συμφωνία με το Σουλτάνο διαμόρφωσαν το νέο καθεστώς στο νησί. Η Σάμος με την προστασία των Μεγάλων Δυνάμεων θα είχε από εδώ και στο εξής από Χριστιανό Ηγεμόνα, διορισμένο από τον Σουλτάνο, με περιορισμένα προνόμια και καθεστώς υποτέλειας για το λαό.
Οι κάτοικοι όμως δε συμβιβάστηκαν. Όλοι οι προύχοντες (εξήντα σε αριθμό) μαζί με τον Μητροπολίτη Κύριλλο πήραν το δρόμο της προσφυγιάς. Οι περισσότεροι εγκαταστάθηκαν στην Εύβοια, κυρίως, και στη Χαλκιδική. Αυτούς ακολούθησαν και περισσότεροι από 4.000 κάτοικοι του νησιού. Το καθεστώς αυτό διήρκεσε 78 χρόνια και πέρασαν 18 ηγεμόνες, εν συνόλω, από τη Σάμο.
Σε όλο αυτό το χρονικό διάστημα οι Σαμιώτες πάλευαν για τα δικαιώματά τους και την ελευθερία τους. Πολλούς από τους ηγεμόνες με τον αυταρχισμό τους κατάφεραν να τους στείλουν οι Σαμιώτες πίσω στην Τουρκία, διότι δε δέχονταν την καταπίεση που οι ηγεμόνες ασκούσαν.
Έτσι, λίγο πριν την έναρξη των Βαλκανικών πολέμων του 1912, ηγεμόνας ήταν ο Ανδρέας Κοπάσης. Τουρκόφιλος, αυταρχικός, είχε καταπατήσει σχεδόν όλα δικαιώματα των Σαμιωτών. Είχε φέρει μάλιστα και αρκετό Τουρκικό στρατό με τη δικαιολογία να διατηρήσει την τάξη στο νησί. Για αυτές του τις ενέργειες δολοφονήθηκε στις 9 Μαρτίου στην παραλία του Βαθιού της Σάμου, από τον Σταύρο Δημητρίου Μπαρέτη που καταγόταν από το χωριό Μπαλάφτσα της Μακεδονίας.
Ηγεμόνας τότε διορίζεται ο Βεγλερής και ο Τουρκικός στρατός παραμένει στην Σάμο ενισχυμένος και με νέες δυνάμεις που καταφθάνουν από τη Μικρασιατική ακτή. Έτσι καταλύεται κάθε έννοια νομιμότητας και δημοκρατίας.
Ο δρόμος προς την απελευθέρωση
Στις 7 Σεπτεμβρίου όμως, μια ομάδα ενόπλων Σαμιωτών με επικεφαλής το Θεμιστοκλή Σοφούλη, αποβιβάζεται στο Μαραθόκαμπο. Η είδηση γίνεται αμέσως γνωστή σε ολόκληρο το νησί και την ίδια ημέρα στο Καρλόβασι συγκεντρώνονται πολλές εκατοντάδες ένοπλων κατοίκων του νησιού μαζί και οι κάτοικοι του Καρλοβασίου και προβαίνουν σε συλλαλητήριο. Ακολούθως, μετά από τις ομιλίες, του Θεμιστοκλή Σοφούλη και του Εμμανουήλ Βλιάμου, δια βοής, εγκρίνουν το ακόλουθο ψήφισμα:
ΨΗΦΙΣΜΑ
1. Να εφαρμοσθεί εν τη πλήρει και αληθή αυτού έννοια ο προνομιακός χάρτης του 1832.
2. Nα αποσυρθεί ολοτελώς εκ τη νήσου ημών ο παρά τας ρητάς διατάξεις του προνομιακού χάρτου παραμένων τουρκικός στρατός.
3. Να δοθώσιν οι προσήκουσαι εγγυήσεις περί της τηρήσεως και εφαρμογής των τω μέλλοντι των προνομίων ημών, καθισταμένου νομίμου και ανεπηρεάστου πάσης επεμβάσεως του ηγεμονικού θεσμού.
4. Δηλοί ότι έχει αμετάτρεπτον απόφασιν όπως εαν και νυν δεν εισακουσθώσι τα δίκαια αιτήματά του διεκδικήσει τα καταπατούμενα δίκαιά του δια παντός μέσου και πάσης θυσίας.
5. Παρέχει πλήρη πληρεξουσιότητα εις τον κ. Θεμιστοκλήν Σοφούλην όπως ενεργήσει προς εκπλήρωσιν των αιτημάτων του.
6. Εκλέγει επιτροπείαν τους υπογεγραμμένους εις ους αναθέτει την εντολήν να υποβάλωσι το παρόν εις την έντιμον Βουλήν των Σαμίων και προς τους κ.κ. Προξένους των εν τη Σάμω προστάτιδων δυνάμεων.
Η επιτροπή του λαού
Ι.Χατζηγιάννης, Αλεξ. Κεντούρης, Ν. Νικολάου, Γ. Ιππ. Αποστόλου, Εμ. Π. Νικολάου, Β. Αναγνώστου, Γ. Κ. Νικολάου, Ν. Κ. Χατζιδάκης, Δ. Κατεβαίνης, Ν. Σαράντου, Σ. Διακοσταμάτης, Στ. Ιγγλέσης, Εμ. Βλιάμος, Δ.Σ. Πανέρης, Κ.Δ. Μουρμούρης, Π. Γιανής, Γ.Δ. Νικολαϊδης, Αρ. Ιωαννίδης, Στ. Κατεβαίνης.
Το Σεπτέμβριο του 1912 ο Θεμιστοκλής Σοφούλης με ομάδα ένοπλων οπαδών του αποβιβάστηκε στη Σάμο και κήρυξε επανάσταση εναντίον του τοπικού ηγεμόνα και της υποτέλειας στην Τουρκία.
Ακολούθως, ο Θεμιστοκλής Σοφούλης συντάσσει προκήρυξη με πατριωτικό περιεχόμενο, προς τον λαό της Σάμου κι εκατοντάδες ένοπλοι πηγαίνουν στους Μυτιληνιούς να καταταγούν, όπου ο Σοφούλης είχε το αρχηγείο του.
Οι εξελίξεις πλέον είναι ραγδαίες. Αρχίζουν οι συγκρούσεις με τους Τούρκους που εν τω μεταξύ είχαν ενισχυθεί με πυροβολικό στην περιοχή Παλαιοκάστρου και στη θέση Μπαϊρακτάρη. Ο Θ. Σοφούλης μεταφέρει το αρχηγείο του στη Βρύση του Ζερβού, ώστε εύκολα να επιβλέπει τις επιχειρήσεις εναντίον των Τούρκων.
Η μάχη στον Μπαϊρακτάρη κράτησε ολόκληρη ημέρα με αρκετούς νεκρούς και τραυματίες. Όμως μετά από παρέμβαση του Προξένου της Αγγλίας, Λούη Μάρκ , έγινε πενθήμερη ανακωχή (από 13 έως 18 Σεπτέμβρη).
Έλληνες κάτοικοι της ανατολικής και δυτικής Σάμου πηγαίνουν τότε για προστασία στο Βαθύ. Στην περιοχή Παλαιοκάστρου και Μεσόκαμπου οι Τούρκοι καίνε τις οικίες, τις σοδειές, τα καπνά και όλα τα υπάρχοντα των κατοίκων. Οι κάτοικοι από το Πάνω Βαθύ μαθαίνουν τι έγινε και κατεβαίνουν στο Κάτω Βαθύ για μεγαλύτερη ασφάλεια.
Μετά την ανακωχή ακολούθησαν διαπραγματεύσεις και συμφωνήθηκε να εγγυηθούν οι αρχές του νησιού με τις Προστάτιδες δυνάμεις την ασφαλή μεταφορά του Τουρκικού στρατού στην απέναντι ακτή. Έτσι, στις 18 Σεπτεμβρίου / 10 Οκτωβρίου 1912 ο Τουρκικός στρατός κι ηγεμόνας Βεγλερής εγκατέλειψαν τη Σάμο.
Με παρέμβαση του Σοφούλη οι Τούρκοι στρατιώτες μεταφέρονται στη Μικρασιατική ακτή με Σαμιώτικα καΐκια που φέρουν τη σημαία της ηγεμονίας. Με την αποχώρηση του Τουρκικού στρατού ο λαός πανηγυρίζει.