Το Ισραήλ κρυφά χρηματοδοτούσε και εξόπλιζε περίπου δώδεκα ομάδες ανταρτών τα τελευταία χρόνια ώστε να αναχαιτίσουν τζιχαντιστές του ISIS αλλά και μαχητές που είχαν την υποστήριξη του Ιράν στα ισραηλινά σύνορα.
Η μεταφορά στρατιωτικού εξοπλισμού, που σταμάτησαν τον Ιούλιο, περιελάμβαναν κυρίως αμερικανικά όπλα, προφανώς για να αποκρύψουν την πηγή της βοήθειας, συμπεριλαμβανομένων όπλων και πυρομαχικών που προέρχονταν από ιρανική αποστολή στη λιβανική ομάδα Χεζμπολάχ που το Ισραήλ είχε κατασχεθεί το 2009. Ισραηλινές δυνάμεις ασφαλείας παρέδιδαν τα όπλα μέσω τριών οδών που συνδέουν τα υψίπεδα Γκολάν προς τη Συρία – τις ίδιες οδούς που χρησιμοποιεί προκειμένου να παραδώσει ανθρωπιστική βοήθεια στους κατοίκους της νότιας Συρίας που υποφέρουν από τον εμφύλιο πόλεμο. Εκτός από εξοπλισμό, οι ομάδες αυτές είχαν και μισθό, ενώ σταδιακά δημιουργήθηκε η εντύπωση ότι το Ισραήλ θα τους παρείχε υποστήριξη σε περίπτωση που οι καθεστωτικές δυνάμεις κινούνταν προς τη νότια Συρία.
Ωστόσο, όταν αυτό έγινε, με την παράλληλη συνδρομή της ρωσικής πολεμικής αεροπορίας, το Ισραήλ δεν ενήργησε προς υποστήριξή τους, με αποτέλεσμα να μείνουν εκτεθειμένοι στο πεδίο της μάχης, αλλά να νιώθουν και προδομένοι από το Ισραήλ, όπως δηλώνουν οι αντάρτες. Παρά το γεγονός ότι ενίοτε υπήρχαν αναφορές για την ύπαρξη τέτοιου «μυστικού» προγράμματος, ποτέ δεν είδε το φως της δημοσιότητας μια ολοκληρωμένη και επιβεβαιωμένη είδηση, μέχρι τώρα, με τους αντάρτες να ζητούν την απόκρυψη των στοιχείων τους.
Δεν είναι κρυφό, ότι στον εμφύλιο της Συρίας, διάφορες χώρες χρηματοδοτούν και υποστηρίζουν υλικοτεχνικά, ομάδες μαχητών προς ικανοποίηση των συμφερόντων τους, όπως το Κατάρ, η Σαουδική Αραβία, οι ΗΠΑ και το Ιράν. Ωστόσο, η συγκεκριμένη κίνηση είναι σημαντική, γιατί δείχνει με ποιους τρόπους το Ισραήλ προσπαθεί να εμποδίσει το Ιράν να εδραιώσει τη θέση του στη Συρία – παράλληλα με τις αεροπορικές επιδρομές στα ιρανικά στρατόπεδα, αλλά και την πολιτική πίεση που υπέστη το Ισραήλ μέσω της Ρωσίας, του παίκτη-κλειδί σε αυτόν τον πόλεμο.
Από την άλλη, θέτει και το ζήτημα της αλλαγής του συσχετισμού ισχύος στην περιοχή, αφού από ότι φαίνεται ο εμφύλιος πόλεμος φτάνει στο τέλος του, με τις ιρανικές δυνάμεις, συμμάχους του Άσαντ, να επιθυμούν να εδραιώσουν την επιρροή τους στην περιοχή, αυξάνοντας το δίλημμα ασφαλείας με το Ισραήλ.Το Ισραήλ άρχισε να οπλίζει ομάδες ανταρτών συμμαχικές με τον Ελεύθερο Συριακό Στρατό το 2013, συμπεριλαμβανομένων των φατριών στην Quneitra, Daraa και στις νότιες περιοχές της υπαίθρου της Δαμασκού.
Μετά την αποτυχία στην εύρεση συμφωνίας από Κρεμλίνο και Ουάσινγκτον για την ασφάλεια της νοτίου Συρίας από πολιτοφυλακές,υποστηριζόμενες από το Ιράν, το Ιραήλ υιοθέτησε μια πιο επιθετική πολιτική και η βοήθεια στους αντάρτες αυξήθηκε δυναμικά. Στην πράξη μετουσιώθηκε από την Πολεμική Αεροπορία της, που άρχισε να χτυπά βαθύτερα στο έδαφος της Συρίας, στοχεύοντας όχι μόνο σε μεμονωμένες αποστολές όπλων από το Ιράν στη Χεζμπολάχ αλλά και σε ιρανικές βάσεις σε ολόκληρη τη χώρα.
Δύο από τις ομάδες που υποστηρίχθηκαν από το Ισραήλ έχουν αναγνωριστεί δημόσια, η Liwaa Omar bin al-Khattab, με έδρα το Beit Jinn, πόλη που συνορεύει με το Όρος Hermon και η Forsan al-Jolan, μια ομάδα που βρίσκεται στη συνοριακή πόλη Jubata al-Khashab στην Quneitra. Η τελευταία, ήταν η προτιμώμενη ομάδα του Ισραήλ. Πέρυσι, πρόσθεσε αρκετές εκατοντάδες αγωνιστές στις τάξεις της, λόγω της αύξησης της ισραηλινής χρηματοδότησης. Τροφοδοτούσε με όπλα και τις άλλες ομάδες ανταρτών με αποτέλεσμα να επεκτείνε τη σφαίρα επιρροής της στην περιοχή.
Σύμφωνα με τους αντάρτες στη νότια Συρία, αυτοί οι διοικητές θα επικοινωνούσαν τηλεφωνικά με ισραηλινούς αξιωματούχους και θα τους συναντούσαν περιστασιακά στην περιοχή του Γκολάν. Όταν οι διοικητές σκοτώνονταν ή απομακρύνονταν από τη θέση τους λόγω των εσωτερικών αγώνων εξουσίας, σταματούσε και η βοήθεια των Ισραηλινών στις ένοπλες ομάδες τους.
Εντούτοις, καθώς οι καθεστωτικές δυνάμεις, με τη βοήθεια των ρωσικών και ιρανικών δυνάμεων, επέκτειναν τον έλεγχο σε όλο και περισσότερες περιοχές της Συρίας, το Ισραήλ επεδίωξε άλλους τρόπους για να διασφαλίσει τα συμφέροντά του στα σύνορα.
Έτσι προχώρησαν σε συμφωνία με τη Ρωσία που επέτρεψε την επιστροφή των δυνάμεων του καθεστώτος στις δυτικές Daraa και Quneitra, τις περιοχές που γειτνιάζουν με τα Όρη του Γκολάν κι ως αντάλλαγμα, η Ρωσία υποσχέθηκε ότι θα παραμείνει στα στρατόπεδα του Ιράν 80 χιλιόμετρα από τα υψίπεδα του Γκολάν, δίχως να παρεμποδίζει τα ισραηλινά χτυπήματα σε ιρανικούς στόχους στη Συρία.
Ακόμη και μετά την επίθεση του Assad στη νότια Συρία, πολλοί Σύριοι στην περιοχή ήλπιζαν ότι το Ισραήλ θα εμπόδιζε τουλάχιστον το καθεστώς να ανακαταλάβει την περιοχή της Quneitra, όμως το Ισραήλ δεν παρενέβη για να προστατεύσει το κόσμο που κατέφυγε εκεί για προστασία.
Αρκετοί αντάρτες ζήτησαν άσυλο από τους ισραηλινούς, φοβούμενοι αντίποινα από τον Άσαντ, ωστόσο ελάχιστοι έγιναν δεκτοί. Η θέση των υπόλοιπων διοικητών παραμένει ασαφής. Σύμφωνα με τους ανθρώπους στη Συρία, μερικοί φημολογούνται ότι είναι στο Ισραήλ, άλλοι στην Ιορδανία, και άλλοι στην Τουρκία.
Τέλος, αναφορικά με τους αντάρτες, οι περισσότεροι επέλεξαν να παραμείνουν στα σπίτια τους και να παραδοθούν στο καθεστώς αντί να φύγουν στο Ιντλίμπ, τον τελευταίο θύλακα των ανταρτικών δυνάμεων. Κάποιοι συνελήφθησαν, επειδή συνεργάστηκαν με το Ισραήλ, ενώ άλλοι προσχώρησαν σε πολιτοφυλακές υπέρ του καθεστώτος ή στον ίδιο τον Συριακό Στρατό ως τρόπο αποφυγής των διώξεων από τον Άσαντ.