Το τουρκικό αίτημα για διχοτόμηση ή, σαν δεύτερη καλύτερη λύση, γεωγραφικό διαχωρισμό των δύο κοινοτήτων, δεν σταμάτησε ποτέ.
Με την αποχή των Τουρκοκυπρίων από τις κυβερνητικές ευθύνες, άλλαξαν οι θεσμοί σε ορισμένους σημαντικούς τομείς. Καταργήθηκε η ιδιαίτερη ελληνική κοινοτική βουλή, που δεν είχε πλέον λόγο ύπαρξης, καταργήθηκαν οι χωριστοί εκλογικοί κατάλογοι για τις δύο κοινότητες και έπαψε να λειτουργεί το συνταγματικό δικαστήριο, του οποίου οι αρμοδιότητες μεταφέρθηκαν στο ανώτατο δικαστήριο.
Το Δεκέμβριο του 1965 το Κυπριακό συζητήθηκε πάλι στη Γενική Συνέλευση των Ηνωμένων ΕΘνών, η οποία, με το Ψήφισμά της l8ης Δεκεμβρίου, αναγνώρισε και υπογράμμισε την απόλυτη ανεξαρτησία και την πλήρη κυριαρχία της Κυπριακής Δημοκρατίας, και απέκλεισε κάθε επέμβαση στις εσωτερικές της υποθέσεις.
Η Κυβέρνηση Στεφανοπούλου ακολούθησε δική της πολιτική απέναντι της Κύπρου. Τον Ιούνιο του 1966 εγκαινίασε στις Βρυξέλλες απευθείας Ελληνοτουρκικό διάλογο, που συνεχίστηκε μέχρι το Δεκέμβριο του ιδίου έτους, οπότε έχασε την εμπιστοσύνη της Βουλής και παραιτήθηκε.
Το Μάρτιο του 1966, ανατέθηκε στο Στρατηγό Γρίβα η γενική αρχιστρατηγία όλων των ενόπλων δυνάμεων, που βρίσκονταν στο Νησί.
Σε όλο αυτό το διάστημα το ενδιαφέρον του Ελληνικού λαού για την Κύπρο είχε κορυφωθεί, η ομοψυχία και η συμπαράσταση του ήταν συγκινητική.
Η Κυπριακή Κυβέρνηση είχε την άποψη, ότι η διαδικασία του διαλόγου Ελλάδας Τουρκίας εξέτρεπε το Κυπριακό από την κανονική βάση του, που ήταν η αδέσμευτη ανεξαρτησία και η αυτοδιάθεση, και επιπλέον το απομάκρυνε από την ορθή διαδικασία των Ηνωμένων Εθνών το αποδιεθνοποιούσε και έδινε την ευκαiρία στην Τουρκία, που η διεθνής θέση της ήταν πολύ ισχυρότερη από εκείνη της Ελλάδας να επιβάλει τις δικές της απόψεις. Άλλωστε η Τουρκία υποστήριζε πάντοτε ότι το Κυπριακό αποτελούσε μια καθαρά Ελληνοτουρκική διαφορά, και ότι η σωστή διαδικασία λύσης του θα έπρεπε να επιδιωχθεί με τη διεξαγωγή απευθείας συνομιλιών μεταξύ των δύο χωρών.
Τέλη Νοεμβρίου του 1966 έφθασε στη Λεμεσό φορτίο Τσεχοσλοβακικών όπλων, τα οποία η Κυπριακή Κυβέρνηση είχε παραγγείλει για τον εξοπλισμό της Αστυνομίας. Την άφιξη των Τσεχοσλοβακικών όπλων κατάγγειλε ο Γρίβας στον Πρωθυπουργό Στεφανόπουλο, με τον ισχυρισμό ότι δεν προορίζονταν για την Αστυνομία, αλλά για καθαρά κομματικούς σκοπούς, σε βάρος των γενικότερων εθνικών συμφερόντων. Ο Στρατηγός Γρίβας κατηγορούσε στην επιστολή του προς τον Πρωθυπουργό τον Αρχιεπίσκοπο, ότι ενεργούσε πίσω από τις πλάτες της Ελληνικής Κυβέρνησης, και εισηγείτο να παραδοθεί αμέσως ο οπλισμός στην Εθνική Φρουρά.
Οι συνεχείς καταγγελίες του Γρίβα αλλά και η προσωπική αντίθεση του Στεφανοπούλου προς το Μακάριο συντέλεσαν ώστε να δημιουργηθεί τότε σοβαρό θέμα, και να απειληθεί προς στιγμήν διακοπή των διπλωματικών σχέσεων Αθηνών-Λευκωσίας.
Το θέμα των Τσεχοσλοβακικών όπλων ξέφυγε σιγά-σιγά από το στενό κύκλο των στρατιωτικών, και πήρε σοβαρές πολιτικές διαστάσεις, αφότου η άφιξη των όπλων αυτών περιήλθε σε γνώση της Τουρκικής Κυβέρνησης, η οποία, με έντονες διπλωματικές παραστάσεις προς την Κυβέρνηση της Ελλάδας, αξίωσε να παραδοθεί, χωρίς καθυστέρηση, ολόκληρος ο οπλισμός στην Ειρηνευτική Δύναμη. Ο Μακάριος, από την πλευρά του, επέμενε ότι τα όπλα εισήχθησαν για να χρησιμοποιηθούν αποκλειστικά και μόνο από την Κυπριακή Αστυνομία, (η οποία τότε αντιμετώπιζε σοβαρές επιθέσεις από παράνομες οργανώσεις και άλλα αναρχικά στοιχεία), και ότι αποτελούσαν καθαρή συκοφαντία οι φήμες, ότι επρόκειτο τα όπλα αυτά να χρησιμοποιηθούν για κομματικούς ή άλλους σκοπούς.
Μετά την άρνηση του Αρχιεπισκόπου να παραδώσει τον οπλισμό, τα πράγματα οξύνθηκαν ακόμη περισσότερο, και λίγες μέρες πριν πέσει η Κυβέρνηση Στεφανόπουλου σχεδίαζε να ανακαλέσει τον ‘Έλληνα Πρεσβευτή στη Λευκωσία, και να διακόψει διπλωματικές σχέσεις με την Κυπριακή Κυβέρνηση.
Τελικά τα όπλα παραδόθηκαν στην Ειρηνευτική Δύναμη σύμφωνα με την Τουρκική επιθυμία.
Η θητεία της Ελληνικής Βουλής έληγε το 1967, και σε λίγους μήνες έπρεπε να διεξαχθούν βουλευτικές εκλογές. Οι αρχηγοί των δύο μεγάλων κομμάτων ανησυχούσαν για την κατάσταση, καθημερινά οργίαζαν οι φήμες. για κινήσεις στο στράτευμα και για δράση ξένων μυστικών υπηρεσιών. Ο Κανελλόπουλος φοβόταν παραπέρα εκτροπή της κατάστασης και ματαίωση των εκλογών. Ο Παπανδρέου απέβλεπε στις εκλογές σαν το μόνο μέσο αποκατάστασης της ομαλής λειτουργίας του πολιτεύματος. ‘Έτσι η πολιτική των δύο μεγάλων κομμάτων, της ‘Ένωσης Κέντρου και της ΕΡΕ, συνέπιπτε στο θέμα των εκλογών. Γι’ αυτό, ύστερα από συνεννόηση με το Γεώργιο Παπανδρέου, ο Κανελλόπουλος απέσυρε, στις 20 Δεκεμβρίου 1966, την υποστήριξή του από την Κυβέρνηση Στεφανοπούλου, η οποία αναγκάστηκε έτσι να παραιτηθεί.
Ο Βασιλιάς Κωνσταντίνος, με διάγγελμα στις 22 Δεκεμβρίου 1966, ανάγγειλε το διορισμό Υπηρεσιακής Κυβέρνησης υπό τον Ιωάννη Παρασκευόπουλο, η οποία θα ψήφιζε νέο εκλογικό νόμο, και θα διεξήγε βουλευτικές εκλογές, τα τέλη Μαίου 1967.
Οι εκλογές που προγραμματίσθηκαν για τις 28 Μαίου 1967 δεν έγιναν ποτέ.
Τις πρώτες πρωινές ώρες τις 21 Απριλίου 1967 η χούντα των Συνταγματαρχών κινήθηκε εφαρμόζοντας το Νατοϊκό Σχέδιο «Προμηθεύς»-το σχέδιο είχε σχεδιασθεί από τις Ένοπλες Δυνάμεις για να εφαρμοσθεί σε περίπτωση κομμουνιστικού πραξικοπήματος- κατέλαβε με τανκ την πόλη των Αθηνών, κατάργησε το σύνταγμα και επέβαλε στρατιωτικό νόμο σε όλη τη χώρα.
Οι πραξικοπηματίες (Παπαδόπουλος ,Παττακός ,Μακαρέζος ) επισκέπτονται τον Βασιλιά Κωνσταντίνο ,ο οποίος επιλέγει τον συμβιβασμό.
Στις 19:30 της 21 Απριλίου 1967 ορκίζεται η πρώτη Κυβέρνηση τις Χούντας πρωθυπουργός Κ. Κόλλιας, αντιπρόεδρος Γρ. Σπαντιδάκης, υπουργός προεδρίας Γ. Παπαδόπουλος, Συντονισμού Μακαρέζος, Εσωτερικών Στ Παττακός. Ο Βασιλιάς νομιμοποιεί με την παρουσία του το πραξικόπημα.
Ο Μακάριος δε βιάστηκε να εκδηλωθεί είτε υπέρ είτε εναντίον της ελληνικής χούντας, της οποίας αρκετά από τα μέλη είχαν ήδη υπηρετήσει ως στρατιωτικοί στην Κύπρο. Στις 30 Μαΐου έστειλε στην Αθήνα ένα ολιγόλογο και τυπικό τηλεγράφημα. Ο Γρίβας συνεχάρη τη Χούντα, εκ μέρους της Εθνικής Φρουράς, αρκετά νωρίτερα στις 28 Απριλίου. Ήταν πάντως προφανές ότι, ύστερα από πολυήμερο προβληματισμό, ο Μακάριος αποφάσισε να μη συγκρουστεί με το στρατιωτικό δικτατορικό καθεστώς της Αθήνας. Όπως πολλές φορές δήλωσε, η κυβέρνησή του όφειλε να συνεργάζεται με την εκάστοτε κυβέρνηση της Ελλάδος, οποιαδήποτε κι αν ήταν αυτή. Η επιβολή στρατιωτικού δικτατορικού καθεστώτος στην Ελλάδα είχε επιπτώσεις και στην Κύπρο, την οποία φυσικά οι εξελίξεις εκεί επηρέαζαν. Και από ένα τέτοιο καθεστώς οι επιπτώσεις δεν μπορούσαν παρά να ήσαν αρνητικές. Κατέληξαν δε να προκαλέσουν τον καταστροφικό διχασμό των Ελληνοκυπρίων που χωρίστηκαν σε «εθνικόφρονες» υποστηρικτές της «εθνικής » κυβέρνησης των συνταγματαρχών και σε «ανθέλληνες» πολεμίους της.
