Με παραγγελία του ο αναπληρωτής οικονομικός εισαγγελέας Σπύρος Μουζακίτης ανέθεσε στη νεοσύστατη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικού Ελέγχου του υπουργείου Οικονομικών τη διενέργεια του ελέγχου στα μυστικά κονδύλια του υπουργείου Δημόσιας Τάξης και του υπουργείου Εθνικής Άμυνας από το 2006 έως σήμερα.
Η εισαγγελική εντολή ζητά από τη νέα υπηρεσία να διενεργήσει ελέγχους και να συντάξει πραγματογνωμοσύνες ώστε να διαπιστωθεί αν χρήματα που διατέθηκαν στα ελεγχόμενα υπουργεία δαπανήθηκαν για τους σκοπούς που ζητήθηκαν ή αν υπήρξαν, δόλιες ή μη, αποκλίσεις.
Η έρευνα του κ. Μουζακίτη για τη διάθεση και διαχείριση κονδυλίων ξεκίνησε στις αρχές του χρόνου έπειτα από δημοσιεύματα αλλά και καταγγελίες του ΣΥΡΙΖΑ για το υπουργείο Εξωτερικών. Στο πλαίσιο μάλιστα της έρευνας έχει καταθέσει -για το ΥΠΕΞ- και ο πρόεδρος της αξιωματικής αντιπολίτευσης Αλέξης Τσίπρας. Στην πορεία της προκαταρκτικής ο εισαγγελέας επέκτεινε την έρευνά του και σε κονδύλια άλλων υπουργείων όπου φαίνεται να εμφανίζονται σημαντικές αποκλίσεις.
Η έρευνα στοχεύει να αναδείξει περιπτώσεις ύποπτων αποκλίσεων, δηλαδή πιστώσεις για ποσά που η τελική διαχείριση τους δεν μπορεί να δικαιολογηθεί.
Ο κ. Μουζακίτης κρατά τον φάκελο των κονδυλίων του ΥΠΕΞ, καθώς αναμένει την απόφαση της Ολομέλειας του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους (ΝΣΚ) για την χορήγηση ή όχι στοιχείων που ζήτησε. Το ΥΠΕΞ, λόγω του ευαίσθητου τομέα που καλύπτει, είχε προσφύγει στο ΝΣΚ προκειμένου να αποφανθεί αν θα πρέπει να χορηγήσει τα στοιχεία για τα «μυστικά κονδύλια» στον εισαγγελέα. Τμήμα του ΝΣΚ ήδη έχει αποφανθεί υπέρ της διαβίβασης των στοιχείων στο εισαγγελικό γραφείο και το θέμα -λόγω σοβαρότητας- έχει παραπεμφθεί στην Ολομέλεια.