Αθωώθηκαν από τα πορτογαλικά δικαστήρια οι 10 κατηγορούμενοι – ανάμεσά τους και 3 Γερμανοί- για την υπόθεση που συνδέεται με την αγορά, το 2004, δύο υποβρυχίων από τη γερμανική κοινοπραξία MAN Ferrostaal.
Οι επτά Πορτογάλοι επιχειρηματίες και οι τρεις Γερμανοί —οι δύο είναι πρώην στελέχη της κοινοπραξίας— είχαν κατηγορηθεί το 2009 για διακεκριμένη απάτη, πλαστογραφία και χρήση πλαστών εγγράφων. Σύμφωνα με το κατηγορητήριο, εμφάνιζαν εικονικά τιμολόγια για να δικαιολογήσουν τις επενδύσεις που υποτίθεται ότι θα έκανε η εταιρεία στην Πορτογαλία στο πλαίσιο των αντισταθμιστικών οφελών για τη σύμβαση πώλησης των υποβρυχίων. Το δικαστήριο της Λισαβόνας όπου εκδικάστηκε η υπόθεση έκρινε ότι η εισαγγελία δεν απέδειξε ότι τα τιμολόγια ήταν πλαστά. Οι εισαγγελικές αρχές ανακοίνωσαν ότι σκοπεύουν να ασκήσουν έφεση στην απόφαση. Το 2011, η Ferrostaal καταδικάστηκε από δικαστήριο του Μονάχου να πληρώσει πρόστιμο 140 εκατομμυρίων ευρώ γιατί επέτρεψε την καταβολή προμηθειών ώστε να εξασφαλίσει συμβάσεις στην Ελλάδα και την Πορτογαλία. Η αγορά των δύο υποβρυχίων από την Πορτογαλία αποφασίστηκε από τον νυν αντιπρόεδρο της κυβέρνησης Πάουλο Πόρτας που την εποχή εκείνη ήταν υπουργός Άμυνας στην κυβέρνηση του Ζοζέ Μανουέλ Μπαρόζο, του σημερινού προέδρου της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.