Μετά τα ταχεία αποτελέσματα της πρώτης φάσης των ερευνών και τον ηχητικό εντοπισμό του καταγραφέα πρόσκρουσης σε βάθος 800 μέτρων, στην θαλάσσια περιοχή εννέα ναυτικά μίλια βορειανατολικά της Σκύρου, όπου κατέπεσε το μοιραίο Mirage2000-5, αναλαμβάνει δράση Υδρογραφικό/Ωεκανογραφικό πλοίο του Πολεμικού Ναυτικού αλλά και κλιμάκιο ειδικών.
Μάλιστα εντός της ημέρας Navtex με την οποία θα οριοθείται πλήρως η περιοχή των ερευνών. Η παραγωγική δουλειά των προηγούμενων 24ωρων από την Κινητή Ομάδα Συντήρησης Θαλασσίων Εγκαταστάσεων της Πολεμικής Αεροπορίας, θα αποτελέσει τη βάση για την επόμενη φάση των ερευνών. Κομβικός εκτιμάται ότι θα είναι ο ρόλος που θα διαδραματίσει από κοινού με την ΚΟΣΥΘΕ, το ΥΓ/ΩΚ πλοίο του Πολεμικού Ναυτικού.
Με την χρήση του SONAR καθώς επίσης των ηχοβολιστικών συστημάτων μονής και πολλαπλής δέσμης θα επιχειρήσει να πιστοποιήσει το πρωτογενές εύρημα για τον Crash Recorder του μαχητικού αεροσκάφους της Πολεμικής μας Αεροπορίας και το αργότερο σε 48 ώρες θα αναλάβουν δράση οι ειδικοί του ωεκανογραφικού ινστιτούτου, οι οποίοι θα εμπλακούν στην τελική φάση των ερευνών που περιλαμβάνει και την ανέλκυση των συντριμμιών.
Η επιχείρηση ανέλκυσης των συντριμμιών θα έχει επίσης διαφορετικά στάδια. Καταρχήν τον εντοπισμός της θέσης με τη βοήθεια του υποβρύχιου ρομπότ Remotely Operated Underwater Vechicle (ROV) της Κινητής Ομάδα Συντήρησης Υποβρυχίων και Θαλασσίων Εγκαταστάσεων (ΚΟΣΥΘΕ). Εν συνεχεία της ασφάλισης, ανέλκυσης και μεταφοράς σε ασφαλές βάθος. Ανέλκυση σε πλωτή εξέδρα με χρήση ειδικών φορέων και εκτέλεση διαδικασιών αντιδιαβρωτικής προστασίας.