Την αντίθεσή του στο ενδεχόμενο να λειτουργήσει ο βυζαντινός Ναός της Αγίας Σοφίας Τραπεζούντας σε μουσουλμανικό τέμενος εξέφρασε ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος ο οποίος επισκέφθηκε το ιστορικό μνημείο της Χριστιανιανοσύνης που σήμερα λειτουργεί ως Μουσείο.
Ο Οικουμενικός Πατριάρχης – που πήγε στην Τραπεζούντα με αφορμή την επίσκεψη στην Μονή Παναγίας Σουμελά – ρωτήθηκε από τούρκους δημοσιογράφους αναφορικά με το ζήτημα που προέκυψε μετά τις δηλώσεις του Αντιπροέδρου της Τουρκικής Κυβέρνησης κ. Μπουλέντ Αριντς ο οποίος προανήγγειλε την λειτουργία του Μουσείου του Ναού της Αγίας Σοφίας ως Τζαμιού.,είπε, σύμφωνα με την εφημερίδα »Ραντικάλ»΄»Σαμπάχ» κ.ά.: « Να το πω ξεκάθαρα. Εμείς σεβόμαστε όλα τα τεμένη. Σεβόμαστε τους χώρους προσευχής. Αλλά για την περίπτωση του Μουσείου της Αγίας Σοφίας δεν βλέπουμε κάποια ανάγκη. Δηλαδή τεμένη υπάρχουν. Ας γεμίσουν πρώτα αυτά και σε περίπτωση που θα χρειαστεί , μπορεί να γίνει και το Μουσείο της Αγίας Σοφίας τέμενος>>. Αυτήν την στιγμή δεν υπάρχει τέτοια ανάγκη. Υπάρχει πολιτική».
Στο σημείο αυτό ο Οικουμενικός Πατριάρχης – σύμφωνα και με άλλα δημοσιεύματα – υπενθύμισε ουσιαστικά την πρόσφατη δήλωση του Κοινοτάρχη Ζεκί Μπαϊταρ στην περιοχή του βρίσκεται ο Ναός και ο οποίος είχε αντιδράσει έντονα - απειλώντας ακόμα και με ξεσηκωμό- σε μια τέτοια προοπτική.“Πρώτα να γεμίσουν εκείνα τα Τζαμιά και κατόπιν αν υπάρχει ανάγκη μπορεί να γίνει και η αγία Σοφία”. Και συνεχισε ο Πατριάρχης:«Όμως τώρα δεν υπάρχει ανάγκη, υπάρχει πολιτική(σ.σ. σκοπιμότητα) σε αυτό το θέμα».
«Εάν η Αγία Σοφία ανοίξει για προσευχή θα προσφέρει υπηρεσία μόνο στους μουσουλμάνους αδελφούς μας. Εάν όμως συνεχίσει να παραμένει ως Μουσείο θα προσφέρει υπηρεσία σε όλους τους ξένους και σε όλους τους τουρίστες που επισκέπτονται την Τραπεζούντα, την Μαύρη Θάλασσα και την Τουρκία γενικότερα. Επιπλέον, θα υπάρχει και ένα έσοδο για τον τοπικό πληθυσμό και θα συμβάλλει στην ανάπτυξη του τοπικού τουρισμού. Από αυτής της πλευράς, το λέγω ξεκάθαρα είμεθα της άποψης ότι θα πρέπει να συνεχίσει να λειτουργεί ως μουσείο» πρόσθεσε ο Οικουμενικός Πατριάρχης σύμφωνα με το amen.gr.
Η εφημερ’ίδα Milliyet με τον τίτλο « Ο Βαρθολομαίος στο Μουσείο της Αγίας Σοφίας» γράφει ότι ο Πατριάρχης Βαρθολομαίος επισκέφθηκε τον Δήμαρχο Τραπεζούντας Κιζιλτζίκ και στην συνέχεια μαζί με τους Ελληνες και Γεωργιανούς κληρικούς που τον συνόδευαν, επισκέφθηκε το Μουσείο της Αγίας Σοφίας στην Τραπεζούντα. Τον Οικουμενικό Πατριάρχη συνόδευαν επίσης ο Μητροπολίτης Αλεξανδρουπόλεως Άνθιμος και ο Μητροπολίτης Πέτρος της Εκκλησίας της Γεωργίας καθώς και κληρικοί από την Πόλη.Ο Πατριάρχης φωτογραφήθηκε μπροστά στο Μουσείο μαζί με τους κληρικούς που τον συνόδευαν ( φωτό).
Αξίζει να σημειωθεί ότι ή επίσκεψη του Οικουμενικού Πατριάρχη στο Ναό της Αγίας Σοφίας προσέλκυσε το ενδιαφέρον πολλών ΜΜΕ της Τουρκίας που το τελευταίο διάστημα παρουσιάζουν τις εξελίξεις και τις δηλώσεις που γίνονται για το ζήτημα.Μεγαλη δημοσιότητα πήρε γενικά η προσκυνηματική μετάβαση του Πατριάρχη στον Πόντο.